Akatsuki (Lune rouge, autrement dit Aube) est une organisation criminelle composée de ninjas déserteurs de classe S. Il s'agit du groupe le plus activement recherché du monde shinobi. Son objectif principal est de capturer tous les Bijûs pour dominer le monde. Composée d'une dizaine de membres, tous des ninjas recherchés (à l'exception de Konan et Nagato), les membres opèrent en binômes, excepté Zetsu, l'espion de l'organisation capable de se séparer en deux. L'organisation se retrouve rarement au complet. Les missions sont effectuées à travers le monde, le rituel d'extraction pouvant être effectué à distance. L'organisation dispose également d'un certain nombre de repaires secrets pouvant servir de repli.
L'Akatsuki fut fondé par Yahiko durant la Troisième Grande Guerre Shinobi. Elle était alors composée de shinobis d'Ame désireux d'apporter la paix au Pays de la Pluie, qui était à l'époque un gigantesque champ de bataille, étant donné sa position au carrefour des grandes nations. L'objectif originel de l'organisation était d'apporter son soutien à Nagato pour établir une paix durable, cependant le charisme de Yahiko faisait de lui, d'après Konan, le leader de facto. Tobi prétendit être à l'origine de la création de l'organisation, ayant encouragé le projet à ses débuts.
Le groupe acquit une réputation au sein d'Ame et attira l'attention de Hanzô, le dirigeant de renom du village. Celui-ci, convaincu que l'organisation deviendrait une menace pour son règne, trompa Yahiko en lui promettant de faire d'eux les intermédiaires pour la paix entre Konoha, Iwa et Suna. Il les trahit avec le soutien de Danzô Shimura et sa Racine, prit Konan en otage et provoqua la mort de Yahiko. Après s'être lié au Gedô Mazô et avoir exterminé tous les ninjas présents, Nagato prit les rênes de l'organisation et déclencha une guerre civile, avant d'assassiner Hanzô et tous ses proches. Il remporta la victoire et devint le dirigeant d'Ame.
Suite à la Troisième Grande Guerre Shinobi, Akatsuki se transforma en groupe de mercenaires, Nagato suivant les nouvelles directives de Tobi, alors collaborateur et bienfaiteur de l'organisateur. Durant cette période de paix, les grands pays se mirent d'accord pour stopper leur course à l'armement à l'exception de Kumo qui ne respecta pas le pacte et continua sa militarisation, forçant les autres à recourir aux services de l'Akatsuki (assassinats, espionnage...). La formation de la nouvelle Akatsuki constituée de criminels déserteurs se déroula certainement à Kiri, étant donné la manipulation du Yondaime Mizukage Yagura par Tobi, qui était en réalité le Mizukage officieux, restant dans l'ombre. Akatsuki commença alors la chasse aux Bijûs, se mettant ainsi à dos les pays qui quémandaient autrefois leurs services.
Sasori faisait à l'origine équipe avec Orochimaru. Quant à Kakuzu, il lui fut attribué un certain nombre de partenaires, qu'il tua les uns après les autres dans ses accès de pulsions meurtrières. C'est pour cette raison que son dernier binôme fut Hidan, qui ne pouvait être tué. Lorsqu'Itachi Uchiwa rejoignit l'organisation, Orochimaru tenta de s'emparer du Sharingan. Son échec le conduisit à quitter le groupe. Deidara fut choisi pour le remplacer (suite à un enrôlement forcé qui le poussa à haïr Itachi) et s'associa à Sasori.
Peu après le retour de Naruto à Konoha, l'Akatsuki envoya Sasori et Deidara capturer Gaara, le Kazekage Jinchûriki d'Ichibi. Malgré la capture de l'hôte par Deidara et l'extraction du Bijû, la mission se solda par la mort de Sasori. Madara, caché derrière le personnage intentionnellement ridicule de Tobi, le remplaça au sein même de l'organisation. Après la capture de Nibi et Sanbi, Hidan et Kakuzu furent vaincus par des shinobis de Konoha. Peu après la capture de Yonbi, Deidara se fit exploser à l'issue de son affrontement contre Sasuke Uchiwa. La mort d'Itachi survint peu après, succombant au terme de son combat l'opposant à son petit frère. Tobi convainquit rapidement celui-ci de se joindre à eux. Bien que l'Akatsuki ait perdu cinq membres, Tobi déclara qu'ils avaient chacun joué leur rôle dans l'entreprise de l'organisation. Cependant, cette chute des effectifs les força à accélérer leurs plans.
Pain et Konan se rendirent à Konoha pour capturer Kyûbi. Konoha fut détruit, mais la mission fut un échec : Nagato mourut et Konan quitta l'Akatsuki. De leur côté, Sasuke et son équipe Taka se chargea de la capture de Hachibi, mais là encore, la mission ne fut pas une réussite, malgré les apparences. Les actions de l'Akatsuki finirent par provoquer un désir urgent de riposte armée des puissances shinobi: le Sommet des Cinq Kages se tint. Tobi, souhaitant forcer la situation à avancer, s'invita au sommet et déclara la guerre aux Cinq grands pays, en précisant qu'il avait l'intention d'utiliser contre eux la puissance des sept Bijûs capturés par l'Akatsuki. L'Alliance shinobi se forma pour le contrer, c'est alors que débuta la Quatrième Grande Guerre Shinobi.
*Sources Naruto Wiki*